过滤率是医用口罩与防护口罩的区别之一，防护口罩对于非油性颗粒物的过滤率可达到95%以上，是应对空气传播疾病常用的个人防护用品。而医用口罩能够阻隔血液、体液穿过口罩污染佩戴者，对细菌的过滤率为70%以上，对颗粒物的过滤率有限。
2、形状
防护口罩与佩戴者的面部有较好的贴合性，是一款防护非常严密的口罩，常见的防护口罩有拱形、蝶形等。而医用口罩与面部的贴合性没有那么严密，常见的医用口罩有绑带式、耳挂式等款式。
3、适用范围
医用口罩顾名思义是医务人员使用的口罩，这种口罩是临床医务人员给患者实施相关的救治措施必不可少的防护用品。而防护口罩的适用范围较广，常人可以使用，在车间工作的工人也可以使用。