1、利用天敌：利用天敌防治有害生物的方法，应用最为普遍。每种害虫都有一种或几种天敌，能有效地抑制害虫的大量繁殖。这种抑制作用是生态系统反馈机制的重要组成部分。利用这一生态学现象，可以建立新的生物种群之间的平衡关系。用于生物防治的生物可分为三类：①捕食性生物，包括草蛉、瓢虫、步行虫、畸螯螨、钝绥螨、蜘蛛、蛙、蟾蜍、食蚊鱼、叉尾鱼以及许多食虫益鸟等。②寄生性生物，包括寄生蜂、寄生蝇等。③病原微生物，包括苏云金杆菌、白僵菌等。在中国，利用大红瓢虫防治柑桔吹绵蚧，利用白僵菌防治大豆食心虫和玉米螟，利用金小蜂防治越冬红铃虫，利用赤小蜂防治蔗螟等都获得成功。
2、抗性作物：即选育具有抗性的作物品种防治病虫害，如选育抗马铃薯晚疫病的马铃薯品种、抗花叶病的甘蔗品种，抗镰刀菌枯萎病的亚麻品种、抗麦杆蝇的小麦品种，都已经取得成果。作物的抗虫性表现为忍耐性、抗生性和无嗜爱性。忍耐性是作物虽受有害生物侵袭，仍能保持正常产量；抗生性是作物能对有害生物的生长发育或生理机能产生影响，抑制它们的生活力和发育速度，使雌性成虫的生殖能力减退；无嗜爱性是作物对有害生物不具有吸引能力。
3、耕作防治：耕作防治就是改变农业环境，减少有害生物的发生。不育昆虫防治是搜集或培养大量有害昆虫，用γ射线或化学不育剂使它们成为不育个体，再把它们释放出去与野生害虫交配，使其后代失去繁殖能力。美国佛罗里达州应用这种方法消灭了羊旋皮蝇。遗传防治是通过改变有害昆虫的基因成分，使它们后代的活力降低，生殖力减弱或出现遗传不育。此外，利用一些生物激素或其他代谢产物，使某些有害昆虫失去繁殖能力，也是生物防治的有效措施。利用生物防治病虫害，不污染环境，不影响人类健廉，具有广阔的发展前景。