1首先要注意分区。分子生物实验室主要有试剂储存区、样品准备区、核酸提取区、扩增区、扩增产物分析区五个部分。不同机构根据研究内容的不同，其分子生物实验室设计的分区方式会有所不同，在一些特定条件下,上述分区可以适当合并，如扩增区和扩增产物分析区可以合并。
2其次，各功能区的使用面积要保证各种仪器可以合理安放，符合各种业务工作的要求。
3第三，分区之间应当实施有效隔离。麦尚实验认为，分子生物实验室设计的有效隔离主要依靠物理隔断，有些实验室使用风流隔断，但是下班后风流隔断会被关闭，这种分区方式就不太合理。
4第四，分区设计应当注意顺序，分子生物实验室设计尽可能实现工作室分区中的单向流动，进入各个工作区域必须严格遵循单一的方向，只能从储存区、样品准备区到提取区、扩增区、扩增产物分析区，不可以互相穿插。