1、其一，深层的分裂局面。这一时期，真正意义上的统一只有21年，即280年司马氏灭吴，到301年“八王之乱”全面爆发。而即便是这21年，西晋也没有恢复东汉盛时的版图：鲜卑基本已据有匈奴旧地，并日益南下；渭北高原以北至河套已为羌胡所占；内徙的匈奴人实际已控制了今山西的北部。西晋以前，有三国的鼎立；西晋以后直到隋朝统一，长江流域与黄河流域始终分属不同的政权，黄河流域更是始终存在两个以上的政权，甚至同时有十多个政权存在。在政局或南北分裂或东西对峙或地区割据的长期影响下，各别地域的经济、文化、学术、政治乃至心理，也逐渐“地域”色彩浓厚，“地域”独立趋势加强。地域意识的强化与地域传统的生成，也是一种“分裂”。又即便在同一政权的内部，也有着明显的地区军事割据倾向，如东晋南朝的州镇，北朝的镇戍，这既造成了中央与地方的争衡、内外的对抗，也进一步加深了魏晋南北朝大分裂局面下的地区割据与对抗倾向。
2、其二，复杂的民族关系。四周的边疆民族南下北上、东进西入，迁徙频繁，造成民族成份复杂，民族融合（自然的融合与强制的融合即战争）加速，民族战争剧烈，民族更替迅速。北方地区的主角是入主的“五胡”与留居的汉族，在北方整体“胡化”的同时，是颇多艰难曲折的胡人的逐渐“汉化”；在南方，则特别表现为退守南方的北方汉族与南方汉族以及越蛮俚僚的自然融合与强制融合，这也是一种“汉化”。如果再考虑到周边特别是蒙古高原、东北、西域的民族，则魏晋南北朝历史实际是由北方边疆民族（重要者先后有鲜卑、羌胡、高句丽、柔然、高车、突厥等）、中原地区（曹魏、西晋、十六国北朝）、南方六朝三大地域所构成的。其间地域对抗、民族兴衰、社会转型、制度冲突、文化融汇等等，异常复杂。
3、其三，频繁的人口迁移。这特别表现在东晋十六国南北朝，当时人口迁移的规模之大、范围之广、历时之久、影响之深，超过以前任何一个历史时期。而十六国北朝内部的人口流动与东晋南朝的侨流人口，又多有不同。如东晋南朝境内的侨流人口，多为主动迁徙而来，成为定居移民的比例较大；东晋南朝尤其是东晋、宋、齐、梁政权，实质上为移民政权，以此，侨流人口的地位高，政治、军事、文化影响大，受到的优待也多。十六国北朝特别是十六国，汉族以及其他非统治民族的非汉族之频繁而大规模的人口流动，是由胡族统治者实施的，并且以强制迁移性质为主，他们不仅地位低下，而且境况往往悲惨，胡族统治者强制迁移他们的目的，是以之为兵、用之耕耘；而随着政权的兴亡更替、时局的动荡混乱，此被强制迁移的人口，又被不同的统治者屡次迁移，所以能够长期定居下来的移民其实数量有限。