指挥机构精干，管理系统庞大。国防部主要军事管理部门国防部长办公厅有16个业务局、室（高级研究计划局、弹道导弹防御组织局、国防给养局、国防合同审计局、国防财会局、国防信息系统局、国防情报局、国防调查局、国防立法勤务局、国防后勤局、国防测绘局、国防核武器局、国防安全援助局、现场核查局、中央图像室、国家保密局与中央保密署），其中仅国防后勤局即编有47000多人，国防测绘局编有8400多人，国防情报局编有4300多人。各军种学部也都设有一个部长办公厅以及有关业务部门，其职责与国防部办公厅相似，编制人员也较多，如陆军部辖31个业务管理部门，工作人员4100多人。海军部辖59个管理部门，工作人员2800多人。空军部辖23个管理部门，工作人员3400多人。海军陆战队辖33个管理部门，工作人员510多人。各军种参谋部的编制也比较大。而作战指挥系统即参谋长联席会议组织机构与国防部办公厅和三军种部相比，其规模则比较小。按编制有参谋长联席会议主席、参谋长联席会议副主席（陆军参谋长、海军作战部长、空军参谋长、陆战队总司令），工作人员约1000人。其主要编制机构有人力与人事部、情报部（国防情报局）、作战部、后勤部、战略计划与政策部、指挥控制通信与计划系统部、作战计划与部、部队资源与评估部。联合作战司令部和单一军种司令部工作人员也不多，一般在200至600人左右。