1、普通冻藏法，需要进行冷藏的菠菜一般是夜晚地面上冻，中午又能化冻时采收。采收时带约1.6厘米长的根，清除泥土，整理捆把，每捆2公斤左右，放在阴凉处倒掉露水，待天气转冷时冻藏。贮藏场地应选在遮阴处，整平地面，挖宽深各35厘米的沟，沟间距5～10厘米，将菠菜根朝下摆放入沟，总厚度为25厘米左右。到严寒季节可在上面再加草苫子等，保持沟内温度为-8℃至-5℃。
2、暖贮藏法，暖贮藏法也是农村常见的一种菠菜贮藏方法，挖宽75厘米、深60厘米的沟，立冬至小雪间起菜，随即将菠菜根朝下摆放沟内，盖上一层甘兰叶，沟顶盖草苫。之后随天气变冷盖草苫，使沟内保持0℃～2℃。
3、地上冻藏法，在收获前5～6天，把菠菜场地整平，泼一层水，以保证有土不解冻为宜。贮菜时，先撒些菜叶或树叶铺底，然后把菠菜一捆挨一捆地摆在上面，再在菜的四周用菜叶或枝叶盖好，约有10～12厘米即可。当菠菜内部冻结时，再在上面盖10厘米厚的半干湿沙子，以防叶子失水过多，造成损失。
4、合畦冻藏法，选好菠菜生长健壮的地块及合畦冻藏组合，每个组合三畦，其中左一畦和右一畦为起菜畦，中间一畦为冻藏畦。冻藏前，先用铁揿把冻藏畦菠菜全铲断根系，其深度以入土1.5厘米为宜，全铲时不要弄乱菜株。同种方法，把左右两畦的菠菜铲起，扣盖在中间的冻藏畦上，叶部朝下，根部向上，3个畦子的菠菜合成1畦，贮藏当天，将后畦表面用土埋严，轻拍，使菠菜上下层之间密合，防止寒风进入，气温过低时，再盖一层7～10厘米厚的细土，利用此法可贮到翌年春分。