1、第一段提出石钟山得名由来的两种说法，以及对这两种说法的怀疑。对两说的分别怀疑，提法上也有所不同：用“人常疑之”，说明人们对郦说的疑惑，这里的“人”是否包括作者，没有明说，这是一种客观记叙，作者没有轻率地判断郦说的是非；用“余尤疑之”，强调自己对李说的否定，这里的“余”字，就明确地表示了作者对李说的态度。对郦说“人常疑之”和对李说“余尤疑之”，这两疑引出作者探访石钟山的行动，为第二段的“固笑而不信”和夜游石钟山，以及结尾的一“叹”一“笑”，一“简”一“陋”作铺垫。
2、第二段记叙实地考察石钟山，得以探明其名由来的经过。可以分为三层。第一层，点明探访石钟山的时间、同行者和缘由。因为对石钟山得名由来已存“疑”念，所以作者乘自己赴任临汝并送长子苏迈赴任饶州德兴之便，顺道考察石钟山，正好借此释疑。这一层紧承上文。第二层写访问寺僧。寺僧“使小童持斧”扣石发声，表明他们相信李渤的说法，也说明李渤的说法影响很大。这一段回应李说，“择其一二而扣之”，“因笑而不信”，分别照应第一段的“扣而聆之”，“余尤疑之”。寺僧的做法既然不能使人满意，就有了作者下面月夜考察的行动。第三层写月夜考察游石钟山的经过。先交代探访石钟山的时间是“莫夜月明”时分，同游者是长子苏迈，方式是“乘小舟”，地点是“绝壁下”。然后写绝壁下的情景：看见的是“侧立千尺，如猛兽奇鬼，森然欲搏人”的大石；听到的是“云霄间”鹘鸟的“磔磔”的惊叫声，以及“山谷中”鹳鹤像老人边咳边笑的怪叫声。描绘出一幅阴森可怖冷清凄厉的石钟山夜景，有远有近，有高有低，有动有静，有形有声，十分逼真，使人有身临其境之感。
3、第三段写探明石钟山得名由来的感想，表明写作意图。“叹郦元之简”是肯定郦道元的观点，而又叹其太简略。“笑李渤之陋”是否定李渤的观点，并讥笑其浅陋。这就表明写这篇文章的目的是为了传播自己的见解，证实、补充郦道元的观点，纠正李渤的观点。