2、提高土壤肥力。这是微生物肥料的主要功效，例如各种自生、联合或共生的固氮生物肥料，可以固定空气中的氮素，增加土壤中的含氮量；多种分解磷钾矿物的微生物，如硅酸盐细菌能分解土壤中的钾长石、云母及磷矿石，使其中难溶的磷、钾有效化。
3、制造和协助农作物吸收营养。有些菌肥施用后，由于微生物的活动，不仅能增加土壤有效养分，还能产生多种激素类物质和各种维生素，从而促进作物的生长。
4、增强植物的抗逆性。有些微生物肥料的菌种接种后，由于在作物根部大量生长繁殖，成为作物根际的优势菌，它们可分泌抗真菌和细菌的抗生素，从而抑制多种病菌的生长。