如果使用旧窑贮藏，在贮藏之前，应在窑底及窑身喷2.5%的多菌灵或40%-甲基托布津400-500倍液进行消毒。在窑底铺一层细土，每放20-25厘米厚的荸荠，其上撒上一层干细土，如此一层果实撒一层土，直至离窑口20厘米为止，其上封干细土填口，周围用30厘米厚的泥土封顶，形成中央高、四周低的馒头形，盖过窑口、拍实。
2、沙藏
荸荠收挖后，在阴凉的房屋或地下室内用砖砌，个埋藏坑，在坑底部先铺5-7厘米厚的细沙，将荸荠球茎排列在沙面上，盖细沙3-4厘米厚，再排放荸荠球茎，如此一层一层堆叠，堆高不超过1米。这种方法也能起到良好的贮藏保鲜效果。
3、浸泡溶液
将采收的荸荠球茎去除杂物，清洗后迅速浸入次氯酸钠溶液中贮藏。据试验，使用该法，当温度处于0-2℃、相对湿度在90%-100%的贮藏环境下荸荠球茎的保鲜可达10个月，在5℃以下贮藏保鲜期可达6-8个月。