当前知识经济时代，企业与非商业研究机构在获取和发展专业技术和专业信息上投入了越来越多的资金与精力。这种能够产出智力资本的投资行为对于其自身在市场中竞争力的提高起到了至关重要的影响作用，从而决定了后期的投资回报。可以说，企业进行r&d的根本原因就在于此。当然，这也意味着企业在利用自己的创新投资，收获并享受最终的劳动成果时，不愿让其他任何人有所染指。所以，创新的保护已经是每一家企业心中紧绷的那根弦。与此同时，加快建设创新型国家作为现代化建设全局的战略举措，已镌刻于党的十九大精神之中，强化知识产权的法治保障不言而喻。在这样的国家环境与商业环境下，企业可以选择多种方法来保护自己的创新。其中一个方式，是利用传统的知识产权来加以保护，例如：专利、版权、商标等。而对待像专业技术（know-how）和商业信息等企业不愿对外披露，能够保密于企业内部的创新投资可以选择另一个方式：商业秘密加以保护。在2017年10月正式实行的《民法总则》中，首次将“商业秘密”、“集成电路布图设计”与“植物新品种”纳入到知识产权的客体之中，对商业秘密权予以立法认可。那么，商业秘密作为新型的知识产权与专利这种传统的知识产权相比较，企业在创新保护上应该如何选择与搭配，值得我们深入研究探讨。
在立法上，专利权是通过《专利法》进行保护，其客体是依法应授予专利权的发明创造。根据《专利法》第二条，发明创造是指发明、实用新型和外观设计。而商业秘密权主要基于《反不正当竞争法》加以保护，是指不为公众所知悉、具有商业价值并经权利人采取相应保密措施的技术信息和经营信息。实质条件上，专利中的发明与实用新型要求具有新颖性、创造性与实用性；而商业秘密要求具有非公知性、商业价值性与保密性。
两者对比而言，商业秘密的优点有：
1.保护的客体范围大，包括了部分不能以专利权来保护的创新。例如，客户信息、服务方案等经营信息不能以专利的形式加以保护；
2.不需要正式的注册，避免了相关的时间成本与经济成本。例如，专利从申请到授权，少则半年，多则两年甚至更久，而商业秘密即时生效；
3.不需要公开披露，具有保密性的特点，而专利需要公开；
4.没有时间限制，不存在保护期限。而专利中，发明专利保护年限最高20年，实用新型专利、外观设计专利只有10年；
5.商业秘密无地域性特征，它的权利人可以授权任何国家的经营主体使用，并收取许可使用费；
6.可与其他的知识产权保护机制结合使用，以保护复杂的创新。
当然，商业秘密也存在一些潜在的不利因素：
1.商业秘密不排斥因逆向工程或独立发现所再现的创新；
2.需要有明确的保密措施，例如与员工签订保密协议、竞业禁止协议，可能会触发高额的补偿费用；
3.实践中，商业秘密侵权案件面临“防范难、取证难、成本高、周期长、赔偿低、效果差”的困境。
当然，商业秘密与专利并不互斥，两者可以做综合性应用。例如（2017）最高法民辖终105号案件，虽然案件的争议焦点是原审法院管辖权问题，但是这是源自于权利人主张的被控侵权设备及其化学工艺是涉及了三项专利技术及技术秘密，因而导致了是否分案审理与具体管辖法院等问题。当然，值得我们注意的是在这个案件中，烷基化垂直反应塔这个被控侵权设备涉及的烷基化技术。其在行业内被称作cdalky技术，该技术既包括专利技术，也包括为实现烷基化反应过程的最佳技术效果所必需的非专利工艺方法及工艺参数，这些工艺方法及工艺参数被作为商业秘密存在于cdalky技术的工艺包中。这个案件正体现了，在复杂的创新集合中商业秘密可以与专利这样的知识产权相结合使用，对创新载体予以完善的保护。
对于企业而言，要根据自己创新投资的特定对象与载体之不同，选择特定的保护方式，因地制宜，扬长避短，来对创新加以保护，以最大化自身之利益。在面对复杂的创新集合中，可以整合使用商业秘密与专利的保护形式，搭建一套专业性创新保护机制，在商业竞争中为企业自身核心创新竞争力保驾护航。