对于saas软件而言，更为复杂和艰难的工作是如何保障saas平台中用户数据的安全。不管是大型企业还是小公司，他们对于数据的安全性要求都是一样严苛的。例如常见的crm系统，hr系统，erp系统和财务管理系统等，它们都存储了大量高度敏感的用户信息，如果saas软件的数据安全无法得到保障，不仅是客户的数据会遭受破坏，服务提供商的信誉也会收到严重的影响，甚至会伴随着相关法律的处理。因此，相比于传统的软件，saas软件的安全性要求更高，系统结构更为复杂，实现难度也更大。对于将原有软件产品转化为saas来说，都是很多传统软件企业的主要方法，saas软件大全中的软件有助于快速激活高端市场当中的存量客户。
构建一个saas平台，在满足高性能和可伸缩的条件下，还需要着力保障用户数据的高度安全，这主要体现在以下三个方面：
1多租户数据隔离：多租户架构是saas软件的一个重要评定标准，如何对各个租户的数据进行识别，分割和存储需要在效费比，安全性和性能上取得一个平衡。
2数据备份与恢复：由于各租户订阅服务的组合不同，使用软件的时间段也不尽相同，对不同租户的数据进行备份和恢复的难度也相当大。另外，在操作其中一个租户数据时，需要保障其他所有租户的数据不会受到影响。在发生系统故障时，还需要及时恢复租户数据，面对庞大的数据量，数据恢复的复杂度和难度都比单体应用高很多。
3数据入站和出站校验：saas软件允许用户在任何地点通过浏览器获取服务，这就要求saas软件在数据传输，用户输入，系统输出等环节有着更高的安全性要求。相比于单体架构的应用程序，需要更高级别的安全传输加密/解密手段，更细粒度的用户认证和鉴权措施。另外，对用户的日志的收集，追踪和审计工作比单体软件更难。
保护存储在saas平台中的数据安全，需要仔细的分析平台中每一个业务流程，细化权限下放的粒度，严格把控访问接入设置以及数据的存储规则。即便如此，由于saas系统通常需要面对比单体架构软件更为庞大的数据量，且业务流程更为复杂，更新周期相对较短，因此如何确保存储在saas平台中的数据不易被破坏或者泄露是一个永久存在的工作。