在农贸市场运营中，农贸市场如何管理是一大问题。农贸市场选择不正确、选址不合理，在市场管理中，任何农贸都应有明确的目标市场，即农贸市场为之服务的顾客群体。在农贸市场销售中，销售方式要与消费者的收入水平、职业特点和消费观念相适应。我国大中城市中的不少居民因为其收入低、观念旧和生活习惯等方面的原因往往会把到农贸市场购买生鲜食品作为首选。在农贸市场管理中，应将他们作为市场的主要目标，并在其集中居住区附近做好宣传工作。即根据需求分析和市场细分，确定自己的服务对象。特别是在农贸市场的起步阶段，市场应先选择一部分消费者作为近期目标市场，并根据他们的消费观念和购买习惯来开展经营管理，这是保证农贸市场生存发展的基础。
在农贸市场管理的后期现阶段，农贸市场的目标顾客应慢慢转向高收入群体或预期收入较高的群体，他们愿意一次购买较多的商品以实现’‘一站式‘’购买。为了更好地为这一群体服务，农贸市场管理中应慢慢提高自己的环境和硬件设施、软件服务。
在农贸市场如何管理这一问题中，在一些农贸市场升级改造中，不少市场经营方先把原农贸市场的营业场所和经营设施进行改造，然后采用联营方式吸收了原农贸市场的大多数经营户进行分散经营并未按现代连锁经营的基本要求来进行管理。提供经营场地和设施，收取租金和管理费，各经营户自我经营赚取利润，交纳租金和管理费。这样做虽然改善了经营环境，但是由于租金和管理费可能比原来要高，各经营户为了保持利润水平下降，主要手段就是提高价格。
而新农贸市场却因管理体制等原因无法实施有效的管理，结果造成商品和服务质量没提高多少商品价格却上升了不少老百姓当然不买账。因此，在农贸市场如何管理这一问题中，应改变经营方式坚持走自营的道路，把生鲜食品的经营管理权控制自己手中这样不仅可增加生鲜食品的规格品种提高服务质量而且也有利于加强经营管理，提高经济效益。