凡事都有两面性，新三板也存在较大的风险隐患，比如即使挂牌也很可能无交易成为僵尸股等风险。因此，企业管理者还是要了解一下新三板的风险，避免盲目上新三板，劳民伤财，拖垮企业。
退市风险
根据规定，新三板挂牌公司须按时披露年报或公示信息有误，如果在规定期限内披露年度报告的，企业将被限制经营活动，留下企业及管理者信用污点，甚至最终被摘牌退市。
破产风险
在新三板挂牌的公司若非上市公司，中小微企业的命运犹如惊涛骇浪中的小船一样，加上这些公司往往缺少透明度及信息不对称等原因，容易出现违法、违规现象，甚至经营不善而倒闭，这无疑直接导致新三板公司破产。
流动性风险
目前，新三板市场交易量偏低，投资者开户也不多，市场股票成交量低。流动性明显不足、成交量萎靡的市场很容易出现萎缩，不利于进一步发育和完善新三板市场，企业危机可见一斑。
股票交易风险
中小板、创业板挂牌交易的公司是正式的上市公司，其股票交易可在交易时间段里连续交易。然而，新三板挂牌的公司是非上市公司，其股票交易并不是连续交易，使投资者买卖股票很不方便。出现“想买买不到，想卖卖不出”的局面，说明变现能力弱，这是投资者不愿意遇到的风险。
以上只是风险的一小部分，新三板挂牌企业树应该立风险意识，不能只看到利益，更要关注并面对这些挑战，只有真正能够了解新三板及其风险，才能在“融资难”现状之下，顺利挂牌实现融资和快速发展。