以前，法院受行政力量的影响较大，让纳税人感觉他们对征税方的偏袒。从目前的司法改革试点情况来看，去行政化是其重要的内容之一，对法官来说，审判结果的终身追责制度正在形成。依法断案可期。
当然，我的意思绝非鼓励大家都去打官司，这毕竟是对税企关系伤筋动骨的损害，但你必须要知道这是在法治框架下，解决维权问题的最后一条道路。实际上，税务机关对打行政诉讼官司也非常紧张，越是推进法治化，官司的胜败就越难把握。“不战而屈人之兵”是双方都希望的最佳结果，走到法庭之上，都是迫不得已的下策。
税务行政诉讼是一项专业的工作，应该在律师与税务专家的指导下进行。对于老板，应该掌握的是这一维权过程的要点和后果。首先，税务机关或法院不可能因为企业提起诉讼行为本身，而加大处罚力度。比如，本来处以100%的罚款，因为你提起诉讼说明态度不好，按150%罚款，这是错误的。但是，双方关系遭到损坏，却是非常有可能的。其次，法庭之上，重点争论的依然是“事实、法律、程序”，即税务认定的企业违法事实是什么？违反了哪条法律？他们在执法的程序上有没有过错？核心依然是这三点。
事实，必须是“证据证明的事实”。除非像太阳从东边升起这类自然现象，或者众所周知的事实外，其他事实必须要由证据来证明。法官不能采信仅通过推理得到的事实。所以，证据非常重要，甚至达到了苛刻的地步。
行政诉讼上，税务机关对其认定的企业违法事实，有举证的责任，即你认为我犯错，由你提供我犯错的证据，而不是要我提供我没有犯错的证据。
所以纳税人做得最多的，是指出税务机关的证据不足，证据不能证明事实，证据未构成证据链，取得证据的过程违法等。当然，如果能够提供相反的证据更好，但并不因提不出相反的证据，而被推论违法事实成立。
举一个简单的例子。某公司银行账户收到100万元资金，会计处理为借款，但是一无借款合同，二无借款利息，三是对方没有借款的理由，所以，稽查人员认为这是销售收入，被公司以“借款”的名义隐瞒了。这是“借款”还是“隐瞒的收入”呢？
既然税务人员认定为“隐瞒的收入”，税务人员就应该找证据支持，包括销售了哪些商品或者提供了哪些服务的相关资料、对方公司的证言、相关当事人的询问笔录、被隐瞒的真实合同等，并且应形成“证据链”。如果有这些证据，就可能证明事实，如果没有这些证据或者证据不足，或者证证据能证明出多种可能，都属于不能证明事实。而事实一旦不能被认定，后面的一切处理都无从谈起。
法律，是指税务机关对被认定的事实，所引用的其具体违反了哪一条。税务机关在进行行政处罚时，必须引用有效力的法律条款，这些条款是否有效、适当，当然由专业人士进行分析。
举一个简单的例子，税务机关处理违法事实时，引用的必须是具体的税法条款，比如“根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十四条第二款的规定……”至少得这样。如果只是“根据《中华人民共和国税收征收管理法》的规定……”就算“适用法律错误”，因为没有引用具体条款内容。
纳税人质疑的点包括引用的条款是否有效、是否与事实配套等。程序，就是税务人员在执法过程中，执法细节尤其是取证细节上是否有错，这需要在接受稽查时，认真对每一个执法细节进行关注。比如，某企业对稽查的全程进行了录音录像，其中一名检查人员并未出示检查证，后经辨认，此人是某税务师事务所的人员，而非正式税务检查干部。这就是没有执法权的人违法执法，企业不仅可以提出此人参与采集的证据无效，并且可以以此质疑整个行政执法过程的合法性。法庭上，律师最需要的就是这类“炮火”。
调解，行政诉讼过程中，法院不能进行调解，这与打民事官司不同。打民事官司，不存在“对错”，而行政诉讼所追求的就是对行政处理结论判断“对错”。所以，行政诉讼无法进行调解。败诉。行政诉讼是两审终审制，如果二审败诉了，就算输定了。此时“输定了”，是指在法律框架内输定了，该交的税款、滞纳金、罚款就算交定了。但是，企业要注意，虽然说官司已经输定了，但并不是说企业就真的违法了，就真的少缴税了，就真的偷税了。法院的终审判决只是法院的结论，企业如果坚信税务的处理是错误的或者是部分错误的，依然是没有问题的。
再强调一下，法院的判决仅仅是一个法律结果，并不代表真相是什么。古今中外的判决中，冤案并不少见。有的冤案得到平反昭雪，也有的一直留在覆盆之下，这是一个基本的常识。进一步说，虽然有法院的判决，但如果将来行政方面，比如上级税务机关判定当初税务处理的确有误，愿意依法进行纠正，也是可能的。法院判决只代表某一个法律流程的终结，并不代表真相被认定。所以，败诉后的维权就在法治之外了，主要是通过信访或其他非常规手段。
2005年，曾有一家公司被稽查后，复议与诉讼都失败，后来他们把事情捅到媒体，发了一篇名为《座谈不成遭受处罚，敢于较劲灭顶之灾——×××一创汇企业反映遭受县国税局报复已濒临倒闭》的内参文章，题目非常耸人听闻，引起了省里领导的重视，由多部门组成联合调查组进行调查。
全方位的细致调查既认定公司的确有违法行为，但税务处理也有不妥之处，虽然调查的结果仍然是违法且要承担补税与滞纳金责任，但部分适用税收政策上不能完全确认的税款和滞纳金被剔除了，税务机关多人被追究了过错责任。
不过，这类非常规的手段，其不确定性非常大，成功有偶然性，对公司能力要求也非常高，除非确实冤枉，或者损失过于重大，否则不应在考虑之列。