首先是电子发票的报销方法包括两种：第一种办法是将开票方通过增值税电子开票系统开出的增值税电子普通发票的开票信息，打印成增值税电子普通发票的文件作为报销附件，用传统办法粘贴报销。第二种办法是接收开票方通过增值税电子开票系统开出的增值税电子普通发票的开票信息，将电子发票信息保存在适当的媒介中，报销凭证上注明电子发票存放的位置及进入的路径。
其次是由于电子发票的打印次数不受限制，可以自行打印，又不需要额外再加盖专用章，这就给手工报销带来重复报销的风险。面对这种情况，财务部可以对电子发票进行统计，以发票号码作为标识，这样就能避免重复报销。当然，电子发票在报销系统中应用之外，还可以结合企业内部的erp、crm等系统，到时发票资料全部电子化集中处理，发票的管理也将变得简单，将大大提高企业运转效率。此外，还可以一刀切，凡是涉及电子发票报销，不允许以纸质发票报销，以防篡改发票信息。
还有就是由于现在ps功能很强大，造假技能越来越高明，电子发票容易出现造假行为。面对这种情况，企业可以请报销经手人自行打印电子发票作为报销的原始票据，电子发票有相关明细及附件的，和电子发票一并附上作为报销的原始凭据。或者要求报销经手人在网报系统中准确录入电子发票的12位发票代码及8位发票号码，未录入电子发票号或错误录入电子发票号将不能正常报销。此外，还可以限制报销时间。
报销是企业活动不可避免的一个环节，企业应该严格把控。