1、跨境物流碎片化导致监管困境。电子商务跨境零售一般都是通过小型包裹，由于数量大且相对零散，不仅物流效率低、成本高，而且通关管理部门工作量激增，现行物流及通关模式无法适应。由于相关制度执行不严，网购中经常会出现假冒伪劣商品，或通过“代购”、瞒报、化整为零逃税避税，还有不法分子在邮件、快件中夹带武器、毒品走私，跨境电商存在安全风险。
2、跨境网购进口通关管理制度改革亟待全面推进。跨境电子商务通关便利化的改革仍在试点中，其中跨境网购进口规制亟待改革加快。并且，当前口岸单一窗口体制机制建设尚不完善，口岸现场的监管部门多，管理分散，跨境电子商务的物流通关效率低，运作成本相对较高，直接影响消费者跨境网购的意愿和规模。
3、跨境电子商务统计制度尚未统一。目前各统计数据的定义、数据来源、统计口径等尚不明确，导致我国跨境电商的相关数据统计很难做到精准，影响有关部门准确判断。目前，亟待研究建立规范的跨境电子商务统计制度，明确统计口径，统一统计制度和标准。从广义的角度考虑，还需要设计若干专项统计标准，以全面、有效发挥统计的导向作用。