一、招生院校方不同
在职研究生：报考者选择的是我国教育部授予的学历学位授予单位的院校。
中外合作办学硕士：是中国教育机构与国外教育机构合作开办的。
二、教育类别不同
在职研究生：这里所指的是通过全国统招方式录取学生的高等教育院校，教育类型属于学历教育，在职人士再通过全国统考录取入校学习，毕业颁发该校相关研究生学历、硕士学位证书。
中外合作办学硕士：是中国教育机构与国外教育机构合作开办的以中国公民为招生对象的教育活动，目前，中外合作办学硕士是否属于学历教育还没有官方说法，但是，中外合作办学硕士是教育部引进的项目，获得的是国外硕士学位证书。到中国留学生服务中心认证后相当于国内的学历证和学位证。
三、报考方式不同
攻读在职研究生，需要通过全国统考的方式，不论是同等学力申硕，还是非全日制研究生，都需要参加全国统一考试，达到分数标准才可以入校学习，毕业才可以获得在职研究生证书。
中外合作办学硕士不需要参加全国统一考试，只需要参加报考院校的面试或笔试，一般通过考试后就可以入校学习，顺利毕业就可以获得国外的硕士学位证书。
综上所述，中外合作办学硕士属于在职研究生报考方式其中之一，两者在报考方式、所获证书等方面存在区别和差异。
上海交通大学-法国马赛kedge商学院mba(工商管理硕士)
中方院校：上海交通大学
外方院校：法国马赛商学院
开学时间：每年11月
授课地点：上海交通大学徐汇校区
授课安排：每月集中3天授课(含一个周末) 学制20+3个月
授课语言：全英文
入学考试：自主招生，笔试+面试
学 费：30.8万
颁发的工商管理硕士马赛kedge商学院(kedge business school)mba学位，(教育部许可中外合作办学机构和项目：moe31fr1a20030602o)以及上海交通大学的结业证书。
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