特种集装箱”即不遵循集装箱国际标准，尺寸形状根据用途来确定的，比如一些设备箱，工程箱，石油平台用箱，消防箱，房箱，广告箱等，可以说特种集装箱什么形状尺寸的都有。
进口特种箱在起运港装船前，船公司或其代理将拟进口的特种箱清单（包括尺寸、箱型、重量等）向作业科提出申请，作业科根据港区实际条件，向船公司或其代理确认是否可接卸该特种箱；
1、船公司或其代理将拟出口的特种箱清单（包括尺寸、箱型、重量等）向作业科提出申请，作业科根据港区实际条件，向船公司或其代理确认是否可接装该特种箱；对于超重箱应征得技术部和部门领导的同意，并要求船公司或代理船边直装；
2、征得作业科同意后，船公司和代理在向作业科申请泊位时，应同时附上出口特种箱清单（包括尺寸、箱型、重量等），并将该出口特种箱清单抄送计划科；
3、出口特种箱进港前，拖车提前通知作业科和检查桥，对于超高或超宽箱，检查桥应引导拖车从3#门小车通道进入港区；同时通知拖车到计划科安排的指定特种箱专用堆场卸箱；
4、出口特种箱进港时，检查桥应检查货物绑扎带与箱体接触部位是否使用卸扣，对于未使用卸扣进行绑扎的出口特种箱，应要求拖车重新绑扎后方允许进入港区；
5、船边直装的特种箱，拖车应根据作业科安排的时间到指定的桥吊下或码头前沿待命；
6、对于无法船边直装的出口超重特种箱，征得部门领导和作业科同意后，检查桥通知拖车到码头前沿卸箱；
7、对于需钢丝绳辅助作业的出口特种箱，作业科安排卸箱时应提前备好钢丝绳等工具，同时值班主管或值班组长应到现场指挥作业；
特种集装箱是指为适应特种货物运输的需要，而在集装箱的结构和设备方面进行了特殊设计和装备的集装箱。
因所适用的货物种类不同，而有许多种类，其主要有以下几种：
①开(敞)顶集装箱
这是一种没有箱顶或顶部敞开的集装箱，装卸货物时需使用起重机将重货从顶部装入箱内或卸出。将货物装入后，再用防水篷布遮盖顶部，以防货物受损。这种集装箱适于装载玻璃板、钢铁制品、胶合板、机械设备等超高货物，利用侧壁可以固定的重货，以及难以从箱门进行装卸而必须由箱顶进行装卸作业的货物。
②框(板)架集装箱
这是一种没有箱顶和箱壁、箱端壁也可卸下，只留箱底和四角柱来承受货载的集装箱。如果将四角柱拆下，也可作平台集装箱使用。这种集装箱主要用于不适用于装入杂货集装箱或开顶集装箱内的长大件、超重件、轻泡货、重型机械、钢材、钢管、裸装设备等，会产生集中负荷的重货、超尺度货物、不怕风雨袭击的货物，需要从箱顶或箱侧面装载的货物，以及需要在箱内固定的货物。
③散装集装箱
这是用以装载大豆、大米、麦芽、面粉、饲料以及水泥、树脂、硼砂、化工原料等散装粉粒状货物的集装箱。使用这种集装箱可以节约数量可观的包装费用，并提高装卸效率。
对一些需要植物检疫的货物，比如对于进口粮食，有的需要在港外锚地进行熏蒸消毒。可以在散货集装箱上设置投入熏蒸yao物的开口，以及熏蒸气体排出口，并且可要求这种集装箱在熏蒸时能保持完全气密。
④罐状集装箱
这是一种适用于装载酒类、油类、化学品、危险品等液体货物的集装箱。这类集装箱具有适用于装载这类货物的特殊结构和设备。装货时，货物由罐顶部的装货孔进入;卸货时，货物由底部排出孔靠重力作用自行流出，或由顶部装货孑l吸出。
除了上述一些特种用途的集装箱外，还有一些适用于各类更专门的特种集装箱，如：专1供运载汽车的汽车集装箱，专1供运输活牲畜的动物集装箱等。
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