在该设备重新投入下一次使用之前，应先使设备以低压进行给水，对反渗透的系统进行冲洗1小时，然后再以高压进行给水，对系统进行冲洗5-10分钟。无论是在低压给水冲洗还是在高压给水冲洗时，其反渗透系统的产水排放阀门都应该处于打开状态。系统恢复正常使用前，应仔细检查一下，以保证反渗透设备所产出的水中不含有任何杀菌剂。
我们如果要将这种设备封存的话，我们必须对该设备的膜元件进行彻底清洗处理，利用专用的保护液对反渗透系统进行彻底冲洗。需要特别注意在将反渗透设备添加完保护液之后，为了使保护液可靠的存留在系统当中，我们应将相关的阀门部件全部关闭上并确认反渗透设备系统以充满保护液。
反渗透设备消毒和保养不当导致微生物的污染：
接下来我们要将清洗液在压力容器中循环1小时，或者预先设定时间。如果是8英寸或8.5英寸的压力容器，其流速应为35-40加仑/分钟；如果是6英寸的压力容器，其流速应为15-20加仑/分钟；如果是4英寸的压力容器，其流速应为9-10加仑/分钟。基本上的清洗操作完成之后，我们要将设备的清洗箱排干净，并进行反复冲洗操作，然后再向清洗箱内注满干净水，以备下步冲洗用。经冲洗之后的反渗透设备，在其排放阀打开状态下，启动该反渗透装置，直到里面的水清洁无泡沫为止，这样的反渗透设备才能够获得优质的水资源。