也许会有人说，很多案例表明使用芽孢杆菌后没有起到文中提到的降低cod的效果，反而会造成缺氧泛塘的现象。使用芽孢杆菌造成池塘缺氧主要包括以下三种情况：最常见的是养殖池塘有机物含量过多，健康藻类含量低，不管此时是否使用芽孢杆菌，都容易发生缺氧，此时应该开启增氧机，使用化学增氧类底质改良剂，提高养殖池塘溶氧量，降低缺氧风险。
据统计，每年我国有2000万hm2以上的耕地受镉（cd）、砷（as）、铬（cr）、铅（pb）等重金属污染，受到污染的粮食产量高达1200万t，造成经济损失超过200亿元。cd是耕地及工业园区、矿区周围土壤重金属污染的最主要来源。表1是部分矿区周围耕地和农作物中的cd含量状况，从表1可以看出，这部分地区的耕地cd含量都远远超出该地cd背景值，且农作物可食部分cd含量也大部分超过《食品中污染物限量》（gb2762-2012）中规定的食品中cd含量的限定值，说明这些地区的cd污染程度相当严重。鉴于我国土壤cd污染日趋严重，开展修复工作已经刻不容缓。
国内水产药品厂家限于成本考虑，无法组建自己的加工厂，更不能投资专业的生产设备，多为直接买入菌粉和复配物进行简单混合、分装，凭借终端低价抢占市场，而市场实际需求与产品研发之间完全脱节，只是凭感觉做产品，导致产品质量稳定性较差。从枯草芽孢杆菌的特性来看，休眠菌株必须依附到载体上保存；从产品应用角度看，其需要尽可能粉碎，增加其在水体中的分散度，使菌体分布更均匀，也能增大接触面积，提高产品功效。从目前效果较好的产品特性看，80目粉碎合适，过细或过粗都无法协调应用和菌株需求两者之间的平衡。

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