医院污水处理一般应建造污水处理站，对医院的污水进行集中处理。当医院污水排放到有集中污水处理厂的城市下水道时，以解决生物性污染为主，采用一级处理。当医院污水排放到地面水域时，应根据水体的用途和环境保护部门的法规与规定，对污水的生物性污染、理化性污染及有毒有害物质进行全面处理，应采用二级处理。
  医院污水消毒的流程：
  污水通过排水管汇集到污水处理站，对于粪便污水应先通过化粪池沉淀消化处理，然后进入污水处理站。处理站设有格栅、调节池、计量池、提升泵和接触池。消毒剂通过与水泵联动或与虹吸定量池同步定量投加至待处理污水中，次氯酸钠发生器通过管道或专用设备充分与污水混合后，进入接触池，在接触池内污水与消毒剂经过一定时间的接触后达到水质净化和消毒要求之后，排放入城市下水道。化粪池和沉淀池产生的污泥定期进行清除和消毒处理。
  污水的二级处理即生物处理，次氯酸钠发生器是利用微生物的代谢过程将污水中的有机物转化为无机物。典型的二级处理工艺流程为 ：污水—格栅—调节池—初次沉淀池—生化处理—二次沉淀池—加消毒剂—接触池。常用的方法有生物转盘法、生物接触氧化法、射流曝气法、塔式生物滤池、氧化沟法等。

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