能够导致辣椒果面出现斑点的病毒一般为条班病毒病，条斑病毒病在辣椒果面上的症状表现与缺磷相似，两者很容易混淆。
感染条班病毒的果实表面会产生轻微花斑，畸形或产生不规则的紫褐色坏死斑。条斑病毒病不单单会影响果实，也会影响植株的其它部位。条班病毒会导致生长点附近叶片上产生畸形、褪绿或花叶。茎上感染条班病毒会出现褐色条斑，茎基部表皮也会变褐色。
辣椒缺磷时，一般会在果面上出现不规则的紫色斑块，大小和形状不尽相同。缺磷严重时，整个果实表面布满凹凸不平的斑点，一般不会影响其他部位。缺磷引起的斑点仅存在果实表皮上，不影响果实内部，也不会造成果实腐烂，果实生长也正常。
条斑病毒病发病的条件，一般是由于大棚长期处于高温干旱，或者棚内白粉虱蓟马等传播害虫严重，以及植株辣椒的抗病能力差有关。
日常管理中菜农可以通过合理调控棚内的温度，使温度保持在一个合理的范围之内，并且通过合理浇水，使棚内棚内湿度不至于过高。及时做好白粉虱蓟马等传播媒介的防治，通过喷洒农药提前做好防治，切断病毒病传播途径。
日常管理中注意生根壮苗，增强植株抗病性。提前做好病毒的预防，发现染病植株，应立刻拔掉，清除除到棚外，避免交叉感染其它植株。
防治病毒病常用的药剂有：盐酸吗啉胍、宁南霉素、氨基寡糖素、香菇多糖等，前期预防用其中的一种进行喷雾就可以，如有轻微发病的植株，可以用两种以上药剂复配，再配合好的叶面肥进行喷雾，严重的直接拔除，另外可以叶面喷施海藻类叶面肥，根部冲施海藻精，都可以很好的预防。
辣椒出现缺磷，主要有以下原因导致：
一是土壤中缺乏可以吸收的磷元素。土壤中其实并不缺磷元素，但是能够吸收的磷元素却不多，这与与菜农的用肥习惯有很大关系。磷元素很容易与钙元素等反应，成为固化的磷酸钙，很多菜农为了提高肥料效果，大量使用平衡的氮磷钾肥料，而忽略了作物对磷肥的正常需求，再加上磷肥移动性很差，冲施后很快被土壤固定，不能随水下渗到根层。
当前菜农使用的全水溶性肥料，虽然质量好，利用率高，但用量很少，使得根层土壤中磷肥得不到有效补充。而土壤中固化的磷肥又不能吸收，到了结果期又过于重视钾肥的施用，忽视了磷肥的用量，最终导致出现缺磷的问题。
二是磷元素吸收受到外界因素的抑制。土壤中磷元素充足，但土壤条件不适宜，如干旱缺水、地温过低等，都会造成植株根系对磷元素的吸收障碍，从而表现出缺磷症状。另外，磷元素在土壤中移动性差，容易被固定或拮抗，如果土壤中氮元素含量高也会抑制根系对磷元素的吸收。
因此要想防止辣椒果实出现紫斑果，日常管理中要注意合理浇水，保持土壤见干见湿，注意根据作物需求合理施肥，平时也要培养植株健壮的根系，增强根系对磷肥的吸收利用率。平时注意调控好棚室温度，及时喷洒病毒药，提前做好病毒的预防措施。通过这些措施就能很好的预防出现紫斑果。