生物肥料，采用有机肥料与无机肥料相配合，并伴有多种微生物或高能化合物的的面市，很受农民欢迎，效应比较明显，一是能改良土壤理化性状，增强保水、保肥性能，提高持续供肥能力；二是能显著抑制棉花、瓜类的枯萎病和水稻纹枯病等病害，增强抗逆能力；三是能改进农作物的品质，特别是对提高西瓜、甘蔗、草莓等水果的甜度十分明显；四是能促进农作物增产，一般施用生物有机复合肥的比单一施用化肥的增产10%左右；五是能减轻农业环境的污染，可大量生产无公害的食品。
由单一菌种向复合菌种转化。在这个转化过程中，一是不要单纯去追求营养元素供应水平的提高，要追求多功能，例如抗病、避虫等，如5406菌种可增强作物的抗病能力，减少化学农药的使用;联合菌群的应用可使菌种某种或几种性能从原有水平再提高一步，使复合或联合菌群发挥互惠、协同、共生、加强、同位作用，排除相互拮抗的发生。二是要延长微生物在土壤中的存活时间，微生物存活的时间越长，生物肥的特效期越长。微生物在土壤中存活时间的长短，主要取决于土壤中可利用的碳源水平，可在生物肥中加入一种能够分解土壤中含碳化合物的菌株，以不断供应其它微生物碳源营养，达到延长微生物在土壤中存活时间的目的。