畜禽养殖废水对环境的损害首要体现在以下几个方面：对水体的污染：养殖业废水归于富含很多病原体的高浓度有机废水，直接排放进入水体或存放地点不合适，受雨水冲洗进入水体，将可能形成地表水或地下水水质的严重恶化。
对农田及作物的影响：畜禽养殖业废水中含有较多的氮、磷、钾等营养，如能做到合理施用可有效地提高土壤肥力，改良土壤的理化特性，促进农作物的成长。但假如未经任何处理就直接、连续、过量的施用，则会给土壤和农作物的成长形成不良的影响。
矿物元素和重金属污染：一方面，在畜禽饲料中很多增加的无机磷约75%为植酸磷，因为植酸磷不能被动物吸收使用而直接排出体外，引起污染。另一方面，各饲料厂和养殖场均遍及选用高铜、高铁、高锌等微量元素增加剂。
因为这些金属元素的吸收率和使用率都很低易随粪便排出体外进入环境，已成为我国的一大环境公害。目前，许多区域畜禽养殖带来的污染已经或正成为当地环境首要污染源，其间畜禽养殖发生的沼渣废水尤为杰出。
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