生物肥料在中国生产，经历了几起几落的发展过程，但从总体速度来看是较慢的。20世纪50年代大力推广应用大豆、绿肥根际固氮菌。当时全国各地差不多每个县都有菌肥厂。这个时期的生物肥料生产只求产量，不顾及质量，持续时间很短。
20世纪60年代末至七十年代初，全中国许多地方又恢复生物肥料生产和推广细菌肥料，大部分采用发酵生产。与20世纪50年代相比，质量有了提高，但后来许多地方用炉灰渣替代草炭作吸附剂，产品质量下降，农民就不愿意使用了。这两个阶段的生物肥料生产有一个共同点——产品没有严格的质量监督管理。20世纪80年代初，中国生物肥料生产及应用由于其增产明显，品质改善、特别是对环保的特殊作用，又呈上升趋势，开始出现了固氮、解磷和解钾生物肥料极其由此演变出来的各种名称各异，千奇百态的生物肥料。
还不断有新的企业投入生产，有新的产品出现。国外生物肥料生产技术和产品也开始拥入中国市场，中国生物肥料的生产又进入了一个新的发展时期。生物肥料生产企业发展过快过多，但多数是小规模企业，作坊式生产，设备工艺落后，职工素质不高，因此生物肥料产品质量参差不齐，产品中的成分构成不科学。