饲料原料是加工饲料的基础，选择原料先要保证原料的90%来源于已认定的绿色食品产品及其副产品，其他可以是达到绿色食品标准的产品;其次，要注意选购消化率高、营养变异小的原料。据测定，选择高消化率的饲料至少可以减少粪尿中5%氮的排出量。再次是要注意选择有毒有害成分低、安全性高的饲料，以减少有毒有害成分在畜禽体内累积和排出后的环境污染。饲料加工的精准程度对畜禽的消化吸收影响很大，不同的畜禽对饲料加工的要求是不一样的。采用膨化和颗粒化加工技术，可以破坏和抑制饲料中的抗营养因子、有毒有害物质和微生物，改善饲料卫生，提高养分的消化率，使粪便排出的干物质减少三分之一。
各种饲料原料都是有特定的气味和滋味，如水产饲料中添加的鱼粉是有正常的鱼腥味，如果饲料用了一些鱼粉的替代品，这种鱼腥味就比较淡，甚至干脆就没有。另外，较差的饲料有可能出现没味甚至出现常说的哈拉味，这表明饲料中的脂肪发生了氧化，投喂这种饲料有可能引起鱼的大面积死亡，并污染水质。这类饲料不能购买。