到了1953年，海泽和史密斯将辣椒类作物重新分类为辣椒、浆果状辣椒、灌木状辣椒和绒毛辣椒4个种。4年后（1957年），他们又将黄灯笼辣椒也加入其中现在的辣椒属包括35个野生种和栽培种，其中，最为常见的5个栽培种是辣椒、浆果状辣椒、灌木状辣椒、绒毛辣椒和黄灯笼辣椒。对中国而言，最常见的辣椒类作物是辣椒、黄灯笼辣椒和灌木状辣椒，而浆果状辣椒和绒毛辣椒多数在拉丁美洲栽培。辣椒是最早被驯化的野生种，原生辣椒的味道不是很辣，这也是人们早期能接受它的原因。
黄灯笼辣椒特写
如今很多常见品种都是由它演化而来，比如卡宴辣椒巴布兰诺辣椒山地干辣椒、墨西哥辣椒埃塞俄比亚棕色辣椒等，这些辣椒也成为栽培品种中的主力军。辣椒原产地在墨西哥和中美洲，属热带气候，但经过长时间的驯化之后，现在也能适应在亚热带或温带气候中种植。辣椒种的花冠本为白色，且没有一点斑驳，但在栽培品种中却有两种花冠颜色：紫色及白色中镶嵌紫色。辣椒的品种甚多，比如我们生活中常见的菜椒，也叫“灯笼椒”、“甜椒”、“柿子椒”，其中果皮绿色的品种又叫“青椒”，不但不辣，反而略带甜味并伴有清香，烹饪时常与肉类或其他蔬菜搭配在一起，受到各年龄段人群的青睐。
生活中常见的菜椒
它曾由林奈独立为种现在分类学上有时也仍然独立为辣椒的一个变种，但一般是作为辣椒的品种群品种群是人为定义的，隶属于种下面的分级，品种群内的品种没有遗传性。在同一个种内，可以分为多个品种群，而每个品种群内聚集了相似性的多个品种。当然由于相似性，一个植物品种可以同属于两个品种群。比如，我们生活中常见的樱桃椒（五色椒）属于辣椒的品种群 cerasiforme group，牛角椒（长甜椒）属于品种群 longum group不过，果实小、味道辣的朝天椒却比较特殊。朝天椒属于品种群 conoides group，但有时也被当作变种处理。
辣椒展示美国特大牛角椒
以上说的都是通过辣椒特征的相似性来归类各种品种群，然而在广泛应用中，我们以栽培品种来归类，全世界以菜椒为经典，其次是卡宴辣椒和墨西哥辣椒，这也是栽培品种中最有名的三大品种群。黄灯笼辣椒原产于亚马孙地区。最古老的黄灯笼辣椒果实是在秘鲁的一个6500年前的山洞里被发现的。1768年，这个种第一次在米勒的《园艺词典》里被提到，当时被定义为 capsicum angulosum，说它是来自西印度群岛的辣椒，叶皱且果实似苏格兰帽形状。1776年，荷兰医师雅坎在加勒比海收集到该植物，他认为中国是它的故乡，因此将其命名为“中华辣椒”其实这根本不是中国种，雅坎也从未来过中国收集植物，这是最有力的证据。
各种颜色的灯笼椒
虽然也可以假设该种因中国劳工贸易而流入西印度群岛，但这也是不能成立的，因为中国第一批劳工是在19世纪初才到达那里，所以雅坎这样命名肯定是错误的。正如前文所述，虽然学名一旦命名就不能更改，但正确中文名是可以避免谬误继续流传的。本书因此不用“中华辣椒”一名，而改为“黄灯笼辣椒”，因为在海南，“黄灯笼”是一个著名的地方品种，而它正是本种的栽培品种。黄灯笼辣椒栽培现多集中在加勒比、墨西哥和安第斯山脉以东的这些地区。受原产地气候的影响，黄灯笼辣椒喜热带气候或亚热带气候，在现在亚洲的南部和东南地区栽培都比较多。
黄灯笼椒
虽然黄灯笼辣椒被认为是一个纯粹的栽培驯化种，但它比任何其他栽培驯化的辣椒都更接近于野生辣椒。黄灯笼辣椒的花冠有3种颜色：白色、白色带有淡紫色斑点和淡绿色并带有极其显眼的紫色花药。在绽放优雅的花朵后，它的果实却十分辛辣，那味道会灼烧舌头和喉咙，使人久久难忘。黄灯笼辣椒有不少品种，包括国外的‘达蒂尔辣椒、‘巧克力哈瓦那’辣椒、‘橙色哈瓦那’辣椒、‘苏格兰黄帽’辣椒等。海南岛的黄灯笼辣椒则是中国本土驯化的品种，这个品种名也因此成为它的种名。
苏格兰黄帽辣椒展示
草本植物是指木质部不发达，含木质化细胞少，支持力弱的一年生、二年生或多年生的植物。亚灌木是接近于灌木的草本植物，具有灌木的特征。与草本植物相对应的概念是木本植物，即乔木、灌木其中，小灌木是较小的灌木。灌木状辣椒与辣椒非常相似，原产地也在墨西哥和中美洲，区别仅仅在于它们是小灌木，一个节上通常有两朵花、结两个果实，而一般的辣椒通常为草本或亚灌木，一个节上通常只有一朵花、结一个果实。植物学界曾普遍主张把它们作为和辣椒不同的种看待，但今天很多人却认为应该把它们和辣椒合成一个种。仍将其独立为一个种。
辣椒开花特写
灌木状辣椒的品种有‘塔巴斯科’辣椒、‘非洲鸟眼’辣椒、朝天椒以及小米椒等。其中，朝天椒品种有个奇怪的生长现象花冠裂片尖端向后翻卷，像张牙舞爪，花与花梗形成锐角，但结果后，花梗却像竹子般变直立了。原产于玻利维亚和秘鲁的浆果状辣椒，在南美洲常被称为“阿希”，也就是辣椒的意思。浆果状辣椒有着白色的花冠，并带有淡绿色斑驳，不同品种斑驳不一，这使得浆果状辣椒的花带有一股小清新的气息。此外，浆果状辣椒的花瓣有五花瓣和六花瓣，花瓣有深裂，也有浅裂。
辣椒开花特写
浆果状辣椒的原变种为野生型，但也有鸟阿希辣椒等栽培品种；其栽培变种南美辣椒的品种很多，果实色彩丰富，形状不一，辣度中等，口味甜而多汁，是辣椒界中最具风味的辣椒，在玻利维亚和秘鲁的美食中被广泛使用。‘樱红阿希’辣椒、‘秘鲁黄阿希’辣椒、‘玻利维亚长阿希辣椒、圣诞铃’辣椒等都是南美辣椒的常见栽培品种。脐果辣椒是浆果状辣椒的另一个变种，其果实形状奇特，表面有5个突起的角。其中最有名的品种叫‘主教冠’辣椒（俗称风铃椒或飞碟椒），在全世界广泛作为观赏植物栽培。绒毛辣椒是辣椒类作物5个栽培种中的最后一种，来源于秘鲁的安第斯山脉，在几千年前已被印加人栽培。
秘鲁黄阿希辣椒
与其他栽培种不同，绒毛辣椒植株有短柔毛，花瓣呈紫色，种子呈黑色。不过，这个种里面也有一些形态独特的品种，比如‘罗科托圣伊西德罗’辣椒和‘苏卡尼亚’辣椒，它们的花几乎是白色的。绒毛辣椒由于野生居群稀少，相关信息也较少。在其栽培品种中，‘罗科托’辣椒最具特色，它生长在玻利维亚和阿根廷，在玻利维亚被称为 locoto，以果实形似小苹果而得名。而‘罗科皮卡’辣椒是由‘罗科托’辣椒和野生的沙参花辣椒杂交而来，为较为稀少的品种，具有紫色的花序和亮红色果实，味道十分辛辣。
阿马里洛红辣椒
1979—1983年，科学家进行了辣椒属的酶研究，试图对辣椒属进行更科学的分类。基于酶数据的标准遗传与花色分类的比较，1982年，麦克劳德绘制出第一个辣椒属树状图（即辣椒属分类图），其中主要有辣椒复合群、浆果状辣椒复合群、紫绿花辣椒复合群和未分组的多花辣椒。可以看出，这个辣椒分类系统已经分离出了类似亚属的类群了。