基于辣椒属树状图，麦克劳德等人又进一步研究了每个种的其他特征（比如地理范围、驯化起源地等信息），于是又将它们归类为四个类群—黄裙椒群、紫绿花辣椒群浆果状辣椒群和辣椒群剩余两个种归于未定群里。黄裙椒群中的黄裙椒，现为 capsicum rhomboideum的异名是辣椒属中最有争议的一个物种。作为该群的唯一种，它在遗传上与其他种有很大不同，因而与其他辣椒关系都不怎么相近，属于非比寻常的野生辣椒属植物。埃希巴赫在进一步研究后，认为黄裙椒与多花辣椒关系很近。
辣椒树
黄裙椒主要分布于墨西哥南部到秘鲁北部，有着短柔毛茎和黄色花冠，果实微小，红色球形（直径小于1cm），果实不含辣椒素。由于黄裙椒极为稀有，与“典型”的辣椒属成员又差别很大，因此在辣椒属的种列表中长期被忽略。在2001年对黄裙椒群所做的重新研究中由于 capsicum rhomboideumcapsicum与 ciliatum有相同的分布地，没有明显的形态差异，这两个种被合并，黄裙椒改用前一学名。紫绿花辣椒群由紫绿花辣椒和沙参花辣椒组成，它们的关系非常近，两者的后代是辣椒属中唯一高产的种类。
辣椒
它们的花都有紫色的花冠，且花冠的基部有淡绿色斑块，与其他类群明显不同。这两个种的辣椒都分布于干旱地区，果实较小（直径小于1cm），且为红色的球形。浆果状辣椒群来源于玻利维亚干燥的低海拔环境，包括浆果状辣椒和枸杞果辣椒。这个群的种没有统一的形态特征。枸杞果辣椒分布于阿根廷、玻利维亚、巴西、秘鲁和巴拉圭。它与辣椒类作物彼此关系密切，甚至可相互杂交。枸杞果辣椒的形态差异较大，有植株较大且蔓延生长的灌木，也有植株较高且分支较少的乔木状植物。
辣椒树
枸杞果辣椒的叶子缺乏光泽，且无锯齿，几乎为心形，与其他辣椒相比更易识别。枸杞果辣椒的花微小，果实呈子弹状，相比其他野生种，果实较大，易掉落。辣椒群包括辣椒、黄灯笼辣椒、灌木状辣椒和加拉帕戈斯辣椒4个种。辣椒群中各种辣椒的果实形态变化多样，尤其是果实形状、颜色和大小，还有叶和茎的短柔毛也有变异，可从无毛到有极短柔毛；花序有从单个节点到七个花节的变化；花萼也可从长且绿色的萼片到截形尊片到尖状突起；花冠从轮状到罕见的钟形，且不同种的色调也不同。
形状怪异的辣椒
其中，加拉帕斯辣椒具有特殊的形态，这与当地的气候密切相关。加拉帕戈斯辣椒特产于东太平洋的加拉帕戈斯群岛，植株有浓密的银白色毛，花冠白色，上面带有一点淡黄色果实个头较小（直径小于1cm）呈球形。最后两个种是多花辣椒和绒毛辣椒，由于在辣椒属内没有找到合适的群而流离在群外。它们都是在安第斯山脉发现的种。多花辣椒的花冠为奶油色，有时花瓣边缘带点紫色，且每枚花瓣的基部都有黄色的斑点，果实为红色，球形，个头较小（直径小于1cm）。绒毛辣椒有着紫色花冠，有时呈奶油色而带有紫色边缘，它的球形果实明显大一些。