燃料电池造价偏高：车用pemfc之成本中质子交换隔膜(usd300/m2)约占成本之35%;铂触媒约占40%，二者均为贵重材料。
反应/启动性能：燃料电池的启动速度尚不及内燃机引擎。反应性可藉增加电极活性、提高操作温度及反应控制参数来达到，但提高稳定性则必须避免副反应的发生。反应性与稳定性常是鱼与熊掌不可兼得。
碳氢燃料无法直接利用：除甲醇外，其它的碳氢化合物燃料均需经过转化器氧化器处理产生纯后，方可供现今的燃料电池利用。这些设备亦增加燃料电池系统之投资额。
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