离子对色谱是解决强极性物质在反相色谱中保留能力不足的一个有效的途径。有些碱性极性物质，即使用100%水相做流动相，且无论在色谱柱能承受的ph范围内怎么去调节ph，保留能力都不够。如果需要分离的组分中全是可以离子态存在的，那还可以选择离子交换色谱进行分离。不然的话，就只有选择离子对色谱方法了，尽管它有流传的那么多副作用存在。
离子对试剂含亲水基和疏水基，很像表面活性剂，所以一开始离子对色谱也称为“皂色谱”。离子对作用的机理有两种解释，你上面都已经提到了。到底是哪种解释对，尚无定论，实际上也没必要去定论，反正两种解释都通就可以了。
两种机理都可能存在，要看离子对试剂、固定相和分析物这三者本身情况而定。如果离子对试剂的疏水端和固定相之间的结合力相对更强，示意图的作用机理会占上风。反之，离子对试剂亲水端和分析物导致掩藏极性端的作用力更强，后面提到的机理更可能。总之，要看用的什么离子对试剂，是何种的分析物等具体情况不同而不同吧。
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