1、定植过深：某些农户可能是考虑到定植后需要浇水，怕水大冲倒了幼苗，几乎把茎秆的三分之一都埋入了土中，由于气温高，湿度大，造成茎秆变褐色，乃至腐烂，但这不是病害，无法通过喷药来防治。
2、苗期幼苗的适应过程，由于定植前幼苗已适应了苗床土壤环境，定植后由于换了土壤，必须有一定的时间来适应拱棚内的土壤环境，这就造成了缓苗时间的加长。
3、定植时间过早：造成沤根现象。由于大部分菜农没有采取起垄定植，加上大都采取大水漫灌的方式，透气性不好，造成了沤根。在拔出萎蔫的秧苗时，可以清楚地看到部分毛细根已经坏死，剩余的根系不足以维持其正常生长需要的养分和水分。晴天时气温高，植株蒸腾量大，所需水分多，故而出现萎蔫现象。
4、农家肥使用不当引致烧根所致：温室施用优质农肥是蔬菜优质高产的基础，也是预防、缓解温室土壤连作障碍的最有效的措施。但施用未腐熟的农肥、或农肥未捶细大块进地、或农肥未深施、或农肥施用量过多，分解时会在根系周围形成高温、或土壤溶液浓度过高，强行从植株根系索取水分烧伤主根，影响根系发育而发生萎蔫。