虽然厌氧发酵和充分的好氧发酵都可以分解粪便，但以半好氧发酵对养猪最好，原因如下：
半好氧发酵分解速度最稳定、产热量不大（甚至可形成小环境中的空气对流，造成凉爽的感觉，有利于夏季防止热应激）、菌种保持活力最高、抑制有害微生物的效果最好，菌剂可持续能力强、有利于有益菌保持绝对优势、有利于提供优质的菌体蛋白供猪啃吃，这就好比种蘑菇：温度高，发菌和长得快的蘑菇质量并不好，肉不厚实，味道也不好；而温度太低，长得太慢了，则肉质太紧密，质量也不好，吃起来不好嚼；最好的蘑菇是温度不高不低，肉质既不太厚，也不太薄，口味也最好。
而那种完全开放，频繁翻料的好氧发酵，则存在以下缺点：产热量大（夏天对猪不好）、有害细菌不好控制（有害菌喜欢好氧环境）、分解过快、劳动强度也过大、即使是益生细菌也会因为氧气太充足，生长太快而细胞壁太薄，生命力不强等缺点。
而完全厌氧发酵，则分解粪便实在太慢。
具体到操作上就是：不能翻料过于频繁、要根据自己垫料的性质，在实践中掌握一个度，制定隔几天浅翻一次，隔数月深翻一次的程序。
在分解粪尿的微生物发酵原理中，虽然厌氧发酵和好氧发酵都可以分解粪尿，但以好氧发酵的分解效率最高，是厌氧发酵效率的10多倍，所以，垫料管理中必须清楚这一点，所以，保持一个相对比较疏松的垫料（能让外界的空气通过对流进入垫料内部，管理上的操作方法为不定期翻料，或在垫料上若干戳孔）、保持垫料不板结以利于物质交换（判断板结的标准：不论在哪里，取一些垫料块于手中，用手轻搓一下，能散开来，就是不板结）
所以，必须记住这两点：
① 尽量保持垫料疏松；
② 尽量不让垫料板结；
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