影响微生物菌剂质量主要是菌种与生产工艺，不同企业生产的同类产品质量差异大；不同生产批次间差异大。菌种和产品同质化问题严重，菌种（菌株/菌系）同质化、产品组合大多雷同，更新换代慢；不重视菌种的筛选、保藏、复壮等。配套生产工艺不尽合理，对于微生物菌剂精细化技术含量高的产品，生产工艺是决定产品质量的关键因素。有的企业斥巨资在生产设备上，而有的企业设备不配套，生产出的产品质量当然就会有高低。现在也存在不少企业主要凭经验生产，设备不配套，企业间的设备和工艺差距大。
技术上创新：1.菌种创新：优良菌种的“四性”：优良菌种（菌株）应具备好的功能性、生产性、生态适应性、安全性；复合菌株的协同性：各菌株功能互补、生长协同、环境互助；菌株活性保持技术：防止菌株退化，采用回归应用环境、添加植物或土壤浸提物等措施进行复壮；2.工艺创新：优化工艺，降低成本、高效生产；3.产品创新：质量稳定、效果稳定；4.施用技术创新：与农技、农艺结合，技术集成，便于施用。
从微生物肥料质检中心查询到，截止2016年7月，登记微生物肥料产品2780个，其中正式证1488个，临时1292个，微生物菌剂正式登记产品500多个，临时登记也有470多个产品。而近15年微生物肥料行业的发展数据也反映了微生物产品正逐渐成为市场产品。微生物肥料：含有特定微生物活体的制品，应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，提高产量，改善农产品品质及农业生态环境。

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