赛默飞离子阱质谱技术具有较好的灵敏度、准确度，能准确测定蛋白质。目前质谱主要测定蛋自质一级结构包括分子量、肽链氨基酸排序及多肽或二硫键数目和位置，在对蛋白质结构分析的研究中占据了重要的地位。质谱有进样器、离子源、质量分析器、离子检测器、控制电脑及数据分析系统等组成。传统的质谱仅用于小分子挥发物质的分析，但随着新的离子化技术的出现，如基质辅助激光解析电离飞行时间质谱和电喷雾电离质谱等，各种质谱技术的出现为蛋白质分析提供了一种新的且准确快速的途径。
赛默飞离子阱质谱的工作原理：
　　离子阱由一对环形电极和两个呈双曲面形的端盖电极组成。在环形电极上加射频电压或再加直流电压，上下两个端盖电极接地。逐渐增大射频电压的最高值，离子进入不稳定区，由端盖极上的小孔排出。因此，当射频电压的最高值逐渐增高时，质荷比从小到大的离子逐次排除并被记录而获得质谱图。离子阱质谱可以很方便地进行多级质谱分析，对于物质结构的鉴定非常有用。
赛默飞离子阱质谱分析蛋白的方法：
用于质谱分析蛋白质的方法主要有三种：肽质量指纹图谱法、串联质谱法和梯形肽片段测序法。
1、肽质量指纹图谱：
　　即用特异性的酶解或化学水解的方法将蛋白质切成小的片段，然后用质谱检测各产物肽的相对分子质量，将所得的蛋白酶解肽段质量数在相应的数据库中检索，寻找相似肽指纹谱，从而绘制“肽图”。由此可见，分子质量的精确度是pmf的关键指标所在，但蛋白质的翻译后修饰可能使pmf的质量数与理论值不符，故这就需要与序列信息适当结合。
2、串联质谱法：
　　是利用待测分子在电离及飞行过程中产生的亚稳定离子，通过分析相邻同组类型峰的质量差，识别相应的氨基酸残基。串联质谱的肽序列图需要读出部分氨基酸序列与前后的离子质量和肽段母质量相结合，这种鉴定方法称为肽序列标签(pst)。
3、梯形肽片段测序法：
　　与edman法有相似之处，是用化学探针或酶解使蛋白或肽从n端或c端逐一降解下氨基酸残基，产生包含仅异于1个氨基酸残基质量的系列肽，名为ladder，经质谱检测，由相邻肽峰的质量差而得知相应氨基酸残基。其中的问题是由于酶解速度不一，易受干扰。