规模小，实力弱，服务功能不全。除了新兴的外资和民营企业外，大多数物流公司企业由计划经济时期商业、物资、运输、粮食等部门储运企业转型而来。条块分割严重，企业缺乏整合，集约化经营优势不明显，规模效益难以实现。大多数物流企业只能提供单项或分段的物流服务，物流功能主要停留在储存、运输和城市配送上，相关的包装、加工、配货等增值服务不多，不能形成完整的物流供应链。
物流渠道不畅。一方面，经营网络不合理，有点无网，物流公司企业之间、企业与客户之间缺乏合作，货源不足，传统仓储业、运输业能力过剩，造成浪费;另一方面，信息技术落后，因特网、条形码、edi等信息技术未能广泛应用，物流企业和客户不能充分共享信息资源，没有结成相互依赖的伙伴关系。
人才匮乏，设施落后，管理水平低。我国物流业还处于起步阶段，高等教育与职业教育尚未跟上，人才缺乏，素质不高。物流设备落后、老化，机械化程度不高，无法满足客户特定要求。
制度不健全。物流公司市场秩序还不规范，行业道德低下，人们的公平竞争、公平交易意识淡薄。另外企业融资制度、产权制度、产权转让制度、市场准入退出制度、社会保障制度等不能适应企业经营的要求，因而限制了物流公司企业自身的发展。
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