直接影响到透过水质，譬如有的矿泉水成品中出现半透明丝状白色絮状的霉菌团，主要是系统被霉菌污染所致。因此，必须定期对周转环境及过滤系统进行定期灭菌，灭菌的操作周期因供给原水的水质情况而定，对于城市普通自来水而言，夏季7～10天，冬季30～40天，春秋季20～30天。地表水作为供给水源时，灭菌周期更短。灭菌yao品可用500～1000mg/l次氯酸钠溶液或1%过氧hua氢水溶液循环流或浸泡约半小时即可。
我们可采取等压清洗法，就是将超滤设备的水阀门关闭，打开浓水室的出口阀门，依靠增大流速来冲洗膜的表面，使用这种办法能去除膜表面的大量松软杂质。可采取高纯水清洗法，因为水纯度如果增高了，那其溶解能力就会增强。在清洗时，我们可先利用超滤水将膜表面上的松散污垢冲掉，之后再利用纯水进行循环清洗。我们还可采取反向清洗的办法，也就是使清水从膜的超滤口位置进入并透过膜，直冲向浓缩口的一侧，采用这种反向冲洗办法可有效去除上面的覆盖面，但一定要特别注意防止超压操作，以免将北京超滤设备的膜结构冲破或将密封粘接面破坏掉。