在工厂化循环水养殖中，养殖废水中的剩余残饵和养殖生物排泄物等大部分是以悬浮态大颗粒形式存在。鱼类排泄物及饵料残渣使养殖水体的有机物含量较高，过多的有机物会引发有机物消化菌的繁殖，并与氨氮转化菌在生物膜中竞争生长空间、溶解氧及营养物。
因此，国内部分循环水系统设计中，会首先使用微滤机清除掉较大颗粒度污染物，以减轻生物处理负荷及防止其他设备堵塞。
工厂化循环水健康养殖是一种集物理、化学、生物、信息、电子工程于一体节能、节水、环保、高效的集约化养殖模式，它是依据养殖对象的生理特征要求，通过对关键的养殖生产技术环节进行监控，使养殖技术参数指标始终控制在有效的范围内，通过生物技术不断改善水体环境，从根本上提高产品质量，生产无公害水产品的新型养殖方式。符合资源节约、环境友好，建立和谐社会的根本要求。
饲养锦鲤，水质要求非常高，因此有沉淀过滤等设施。但目前较为先进的观点认为沉淀槽底部仍会积存有毒化学物及有毒气体，对鱼体有害，因此最先进的设计已不设沉淀槽，完全用生化学方法，把所有的杂质分解。
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