目前，以华北、东北、华南地区的大中型污水处理厂为代表的绝大部分城市污水处理厂都是由国家财政全额拨款的事业单位，这种以计划经济体制作基础的财政分配方式在一定的条件下对保障社会事业起到了积极作用，但市场经济的发展给这种运行机制带来了较大的冲击。 　　① 环保意识薄弱　　在过去的几十年中，由于我国环保意识不强而忽视了污水处理厂的建设，以致严重地破坏了生态环境并阻碍了经济发展，损害了我国的国际形象。　　如1993年北京以两票之差失去了2000年奥运会主办权，其主要原因就是北京的水污染问题。然而，当时北京在全国城市中的污水处理率已比较高(达21.4%)，而全国城市的平均污水处理率还不到8%，如广州仅有1座处理量为15×104m3/d的污水处理厂，污水处理率仅为9.5%。　　② 现行体制缺陷　　a建设投资主体单一，无论是新增投资还是更新改造均基本依赖于财政拨款；　　b缺乏竞争、管理僵化、冗员严重、工作效率低，其根源在于计划经济管理模式限制了人们的改革思路和对竞争机制的真正认识；　　c由于对财政资金缺乏监控，容易产生浪费现象，污水处理厂的运行经费核拨大多都是参照往年的运行情况来确定，因此各污水厂为了保证次年的充足经费，必然产生一种“今年不多用，明年就吃亏”的心理，这是监控体制问题的症结所在。　　③ 财务制度不完善　　城市污水处理厂是生产有形产品的特殊行业，实质上是以污水为生产对象，以处理后出水为产品。尽管此行业一直是以社会效益作为生产成果的衡量标准，但实际上是创造了有形的社会财富。所以，如果完全照搬事业单位会计制度显然不符合实际需要。　　然而有不同观点认为：污水处理厂不能以企业利润为目的，若实行企业化管理就会最大化地追求企业利润，这容易导致社会效益的失衡而不利于社会公共事业的发展。　　事实上，目前的城市污水处理厂普遍都以收付实现制为会计核算的基础，因没有计提折旧、成本核算而不能全面有效地将资产、负债、权益等经济关系反映出来。城市污水处理厂尽管不是以营利为目的，但同样需要树立经济效益和市场竞争观念，要在全面有效的监管制度下做到社会效益和经济效益的统一。