此方法适应使用地表水的水源，菌藻类比较多的情况。将microtreat注入到保安过滤器前， 使用剂量为2～5ppm。
2、间歇连续式
此方法适应使用地下水的水源，菌藻类比较少的情况，间歇隔天或隔周注入，使用剂量为3～6ppm。
3、冲击式
此方法适应使用于膜已经有污染，要去除污染的情况。将microtreat 按1%浓度配制成杀菌剂溶液（对于醋酸纤维素膜，应用硫酸或盐酸将溶液ph值调至4～6），用低压泵打入系统，浸泡60分钟，如系统污染严重，应延长浸泡时间。然后用反渗透产品水或除盐水冲洗15分钟；对于污染严重的系统，还可以将microtreat按20%浓度配制成杀菌剂溶液，低压循环冲洗，时间不少于60分钟。（此方法不适用于醋酸纤维素膜）。
注：在使用microtreat浸泡之前，应先用酸洗，以去除膜表面上可能存在的氢氧化物。浸泡后，用碱洗（推荐使用清力公司的清洗剂diamite）以去除生物体的尸体及有机残渣。