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snp,即单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,snp),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的dna序列多态性。与其它分子标记相比,snp分辨率最高也最为丰富,覆盖基因组范围大,遗传上比较稳定。
在人类基因组中,估计平均每1,000 个碱基对就有1 个snp,估计其总数可达300万个甚至更多,是继微卫星之后的第三代遗传标记。snp分布不均匀,在非转录序列中要多于转录序列,绝大多数位于蛋白的非编码区。通常情况下是一种二等位基因的变异,多为转换,即一种嘧啶碱基换为另一种嘧啶碱基,或一种嘌呤碱基换为另一种嘌呤碱基,转换与颠换之比为2:1。snp 在cg 序列上出现最为频繁,而且多是c→t,因为cg 中c即胞嘧啶常被甲基化,自发脱氨后即变为胸腺嘧啶。
snp 技术服务平台:测序分型、taqman探针分型、multiplexsnapshot 分型、飞行时间质谱(maldi-tofms)分型、ldr(高温连接酶法)分型、hrm(高分辨率熔解曲线)分型等技术平台。亿鸣复兴技术平台涵盖了从低通量、中等通量到高通量的完整snp分型平台,能满足不同规模项目的需求,为您量身打造个性化的服务。
我们的服务:
1. 测序法
在所有snp的检测方法中,对欲检测片段进行直接扩增、测序是最为准确的方法。通常情况下,纯合型snp位点的测序峰为单一峰型,而杂合型snp位点的测序峰为套峰,因而很容易将其区分开来,并且检出率接近100%。
2. 探针法
针对snp位点设计1对pcr引物和1条taqman探针(该探针的5’端和3’端分别标记报告荧光基团和淬灭荧光基团),进行实时荧光pcr。当溶液中有pcr产物时,该探针与模板退火,产生适合于核酸外切酶活性的底物,从而将探针5’端的荧光基团切割下来,破坏两荧光分子间的pret,发出荧光,最终达到检测snp位点的目的。
3. snapshot法
该技术基于荧光标记单碱基延伸原理,主要针对中等通量的snp分型检测。在一个含有测序酶,四种荧光标记ddntp,紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和pcr模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经abi测序仪电泳后,根据峰的颜色可知掺入的碱基种类,从而确定该样本的snp位点。通常用于5-30个snp位点分析。
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曲玲
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