自七十年代出现流式细胞仪以来，随着计算机技术、电子制造技术、激光技术及荧光素合成技术的不断发展，现代流式细胞仪已今非昔比，制造工艺、功能、精确度有了质的飞跃。流式细胞仪应用分类大致如下：
 一、免疫表型分析  
1993年在波士顿召开的人类白细胞分化抗原会议(leukocytedifferentiationantigen,hlda)  
将cd抗原(clusterofdifferentiation)分为t细胞、b细胞、髓细胞、血小板、内皮细胞、自然杀伤细胞、活化抗原、黏附因子、细胞因子和细胞因子受体等九个组，确立了48种新抗原。  
1996年11月在神户召开的第六届hlda会议上，又有30多种新抗原被确认，cd编号已达166个，cd抗原有197种。2000年7月，第七届人类白细胞分化抗原会议的召开，cd抗原已达247种。cd系列在免疫学中常被用于:(1)cd抗原的基因克隆，新cd抗原及新配体的发现;(2)cd抗原功能与结构的关系;(3)细胞激活途径和膜信号的传递;(4)细胞分化过程中的调控;(5)细胞亚群的功能。  
免疫表型分析的应用  
1.检测淋巴细胞亚群，监测细胞免疫状态(淋巴细胞是机体免疫系统功能重要的大细胞群，在免疫应答过程中，末梢血淋巴细胞发育分化成为功能不同的亚群。当亚群的数量和功能  
发生异常时，就能导致机体免疫紊乱并产生病理变化。fcm可以同时检测一种或几种淋巴细胞表面抗原，将不同的淋巴细胞亚群区分开来，并计算出它们相互间的比例，通过对病人淋巴细胞各亚群数量的测定来监控病人的免疫状态，并指导治疗)。  
2.白血病/淋巴瘤免疫分型;  
3.hla组织配型及hla与某些疾病的关系;  
4.干祖细胞的定量及成分分析;  
5.粘附分子;tcr多态性检测;肿瘤癌基因及抑癌基因蛋白产物的检测;细胞内酶;耐药蛋白的分析等等;  
6.疾病诊断:为疾病诊断提供直接的或支持诊断的依据;  
7.免疫调节：细胞因子/受体的相互作用、共刺激分子受体/配体的相互作用;  
8.发病机理：肿瘤的发病与机体的免疫力低下、以及信号传递障碍有关;  
9.药物/疫苗效果的评价：肿瘤生物治疗的时机选择、以及效果的监测;  
10.免疫状态评价：移植、放化疗等。  
二、dna含量及细胞周期分析  
细胞周期分析:在细胞周期(g0，g1，s，g2，m)的各个时期，dna的含量随各时相呈现出周期性的变化。通过核酸染料标记dna，并由流式细胞仪进行分析，可以得到细胞各个时期的分布状态，计算出g0/g1%，s%及g2/m%。了解细胞的周期分布及细胞的增殖活性。也可利用细胞周期蛋白(cyclin)、ki67、核增殖抗原(pcna)等，对细胞周期进行精确的分期：g0、g1、s、g2、m.应用于：肿瘤的早期诊断、肿瘤的良恶性判断、观察细胞的增殖状态及周期分布和疗效监测。  
三、定量分析  
1.检测细胞特异性标记物：fcm不但可以定性分析标记物，而且可以进行定量。用标记已知数量的荧光素分子的标准微球作参照，可以计算出每个细胞抗原定簇的个数;  
2.cd4计数;  
3.cd34**计数;  
4.可溶性物质(如细胞因子)的高通量定量检测。  
四、细胞功能分析  
1.吞噬功能试验;  
2.氧爆发试验;  
3.根据t淋巴细胞分泌细胞因子的不同将cd4+或cd8+分为介导细胞免疫的i型细胞和介导体液免疫的ii型细胞;  
4.药物泵的功能检测;  
5.nk细胞的肿瘤杀伤活性检测;  
6.血小板的粘附,聚集功能检测。  
五、细胞凋亡研究  
1.鉴别凋亡与坏死;  
2.测定凋亡率;  
3.研究凋亡触发机制。  
六、其它  
1.微生物快速鉴定及药敏;  
2.分子流式细胞术，利用寡核苷酸为探针，检测端粒酶的长度;  
3.运用抗体进行血小板抗原基因型分型;  
4.利用gfp或yfp为探针检测基因转染;  
5.死、活细胞鉴定等等。