赛默飞离子阱质谱是利用高电场使质谱进样端的毛细管柱流出的液滴带电，在氮气气流的作用下，液滴溶剂蒸发，表面积缩小，表面电荷密度不断增加，直至产生的库仑力与液滴表面张力达到雷利极限，液滴爆裂为带电的子液滴，这一过程不断重复使最终的液滴非常细小呈喷雾状，这时液滴表面的电场非常强大，使分析物离子化并以带单电荷或多电荷的离子形式进入质量分析器。赛默飞离子阱质谱从液相中产生离子，一般说来，肽段的混合物经过液相色谱分离后，经过偶联的与在线连接的离子阱质谱分析，给出肽片段的精确的氨基酸序列,但是分析时间一般较长。
赛默飞离子阱质谱在蛋白质组学和小分子应用上奠定了新的里程碑。在得到充分证明的高性能平台上，运用新的离子阱技术，极大地提高了速度、分辨率、ms/ms效率和定量分析的重复性，从而达到无与伦比的高性能。
1、极短的ms/ms循环时间，zui大的信息量。
　　2、全新的smart离子隔离和碎裂技术。
　　3、etd性能：灵敏度高、耐性好、可靠性强。
　　4、双离子漏斗技术提高无与伦比的灵敏度。
　　5、当今世上分辨率zui高的离子阱质谱仪，在全扫描模式下，分辨率高达30, 000。
　　6、赛默飞的rf发生器确保zui高的质量精度。
　　7、高达20 hz数据采集速度，并且实现“零时间延迟”正负模式切换。
赛默飞离子阱质谱满足蛋白质组学研究的速度：
　　1、自下而上(bottom-up)方法，鉴定到更多的低丰度蛋白质。
　　2、杰出的etd/ptr技术，全方位的翻译后修饰分析。
　　3、自上而下测序 (top-down sequencing; tds)，zui高序列覆盖率。