高新技术企业认定程序如下：
(一)企业申请
企业对照本办法进行自我评价，认为符合认定条件的在“高新技术企业认定管理工作网”
注册登记，向认定机构提出认定申请，申请时提交下列材料：
1.高新技术企业认定申请书;
2.证明企业依法成立的相关注册登记证件;
3.知识产权证明材料、科研项目立项证明、科技成果转化、研究开发的组织管理等相关材料;
4.企业高新技术产品(服务)的关键技术和技术指标、生产批文、认证认可和相关资质证书、产品质量检验报告等相关材料;
5.企业职工和科技人员情况说明材料;
6.经具有资质的中介机构出具的企业近三个会计年度研究开发费用和近一个会计年度高新技术产品(服务)收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料;
7.经具有资质的中介鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告(包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书);
8.近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表。
(二)专家评审
认定机构应在符合评审要求的专家中，随机抽取组成专家组，专家组对企业申报材料进行评审，提出评审意见。
(三)审查认定
认定机构结合专家组评审意见，对申请企业进行综合审查，提出认定意见并报领导小组办公室。认定企业由领导小组办公室在“高新技术企业认定管理工作网”公示10个工作日，无异议的，予以备案，并在“高新技术企业认定管理工作网”公告，由认定机构向企业颁发统一印制的“高新技术企业证书”;有异议的，由认定机构进行核实处理。
国家高新技术企业认定申请
在中国境内(不含港、澳、台地区)注册的企业，近三年内通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，或通过5年以上的独占许可方式，对其主要产品(服务)的核心技术拥有自主知识产权;
产品(服务)属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围;
公司注册成立时间满一年以上;
上年度高新技术产品(服务)收入占企业当年总收入的60%以上;
研究报告发现，近年来中国在研发人员数量、研发投入、研发设备上都取得了长足进步。得益于此，中国专利、商标申请数量和使用授予权都迅速提高。
中国经济深度融入全球市场，在激烈的国内国际竞争中，中国企业创新能力不断提高，涌现出一大批创新型企业。这些企业专利申请数量增加迅速，并且发明专利占多数，专利质量高、实用性强、经济效益巨大，提高了中国企业的市场竞争力，有利于树立中国品牌形象。
国家高新企业认证报告同时指出，在中国的专利申请中，实用性专利比例偏高，而发明专利比例还比较低。此外，中国企业申请的专利多数是在成熟技术基础上进行“微创新”，在重大前沿科技领域的创新成果不足。
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