即使是一个完美的滤器也不能保证锦鲤所产生的所有废物——主要是指无色的有机溶解物——完全被净化。况且生物滤室里的净水微生物作用是把有毒的氨和亚硝 suan 盐转化成毒性较低的硝 suan 盐，而不是完全洁净的水。要去除硝 suan 盐有两个办法：一是换水，这不在我们这次的讨论之列；另一个生物的方法就是利用植物的吸收。 硝 suan 盐是植物赖以生长的营养物质，许多水生植物能够大量地吸收这种物质。 zui 为贪婪和典型的就是水浮莲。但是从野外采集的水浮莲一 定要注意杀虫和杀菌，否则把 bing 害带入池子里的后果是灾难性的。其它还有一些植物如水生的菖莆和水田芥等也是很好的食客。
沉淀室是池水进入过滤系统的第1个单元。其工作原理非常简单，就是当水流通过pvc输送管进入沉淀室后流速急剧下降，体积较大的固体杂物就因为自身比重较大的关系而沉降在沉淀室里。很多人认为设计一个完全没有任何滤材的沉淀室是在浪费空间，其实当他日后看到很多的固体废物沉降在这个单元里而不是进入物理和生物滤室里就会庆幸这样做是完全有必要的。
在空间有限无法安排一个较大的沉淀室的情况下，可以采用以下的方式帮助促进沉降的效果：把沉淀室的四个角尽量做成圆角，或是直接把沉淀室做成一个圆形，以方便水的流动；把入水管紧贴在一侧的室壁上，这样水流就会自然而然地在沉淀室里形成一个旋涡，大部分的固体杂物就会因为自身重力较大的关系而被旋涡集中在沉淀室的底部。还可以在沉淀室的上层部分架设一个支架，上面放上生化棉、鱼网或是澡球之类的物理滤材，通过物理阻截的办法加强去除固体废物的效果。
沉淀室需要有较大的体积以便缓和水流的流速。在沉淀室里经常会采用一些孔隙较大的挡板之类的设计以帮助减缓流速，这样较大颗粒的固体杂物就很容易被沉降下来。 对于一个深度两米以上的鱼池来说，进入沉淀室的水一般是鱼池里的中层水和一部分的表层水，池子底部其实就是一个大的沉淀室，因而池塘底部的水一般被直接排出。而对于一个深度一米左右的鱼池来说这一点无关紧要，因为鱼的游动足够把底层的水扰动起来。所以对于一个深度相对较浅的鱼池来说一般都是采用底水入滤的办法。
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