超低温冷存系统的维护保养基于设备运行情况和客户需求，有计划地进行各类常规检查，如：测量压缩机的电流、系统压力、冷却水的质量。在超低温冷存系统现场指导操作人员，讲解超低温冷存系统机组运行、保养的要点。超低温冷存系统厂家提供主机及辅助设备运行存在的问题提供专业意见和改善方案。
超低温冷存系统预防性维护保养工作包括检查性维护保养提供的内容，按照厂家的推荐进行必要的预防性保养，预防性保养包括清洗换热器铜管，分析和更换超低温冷存系统油、油滤芯、干燥过滤器等。
超低温冷存系统全面预防性维护保养包括全部常规检查和紧急故障处理的服务，及在设备故障时，负责全部维修工作和零部件更换；全年对超低温冷存系统、风机盘管、水泵机组、冷冻水及风道、阀类、控制柜等的检查性，预防性维修养护、各类故障的快速检测及抢修等。
超低温冷存系统的维修、保养、调试是一项比较复杂的工作，超低温冷存系统购买需要有专门的售后团队，在设备检测出故障的时候，及时解决。