通风柜在工作场所的配置数量依实验研究类型而定，差别较大。一般在研究所和大学的配置是，化学研究实验室按每位研究者l台通风柜，生物学研究实验室6～10位研究者共用1台通风柜，物理学实验室可能整个部门设1台通风柜。应根据实验性质和实验室工艺要求，选择通风柜类型，确定通风柜数量。
综合考虑各项因素，确定通风柜排风系统和补风系统形式，确定通风机房和通风竖井的位置。应以安全、实用、有效、经济为原则，使有害气体在尽快就近排走，不至污染环境和操作者，并使实验中的气态污染物全部控制在通风柜以内。应与工艺和建筑专业结合，合理确定通风柜在实验室的位置。通风柜应设置在受气流干扰少的地方，尽量远离门口、送风口和人员频繁往来的通道，避免无组织气流对通风柜排风流场形成干扰;同时，也应远离精密仪器，避免通风柜排风影响仪器操作。
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