温度对配合饲料的保管和贮存影响很大，因为配合饲料里存在营养物质和少量水分，为细菌的生存、繁殖提供了有利条件，高温下细菌体内酶的活性有1定程度提高,细菌活动性增强,大量繁殖,使配合饲料中的组成成分迅速分解，以致腐败变质，产生大量的有害物质，水产养殖动物吃了霉变的饲料，不仅会影响其正常生长，长期以往，有毒有害物质在水产养殖动物体内蓄积，后还会殃及消费者的身体健康。当温度低于10℃时，霉菌生长缓慢，高于30℃则生长迅速，配合饲料会迅速变质，因此，高温期间配合饲料应贮存在低温通风处。贮存饲料的库房应具有隔热、避光、防辐射等性能，因而库顶要有隔热层，周围种树遮荫，墙壁还要涂上白色以减少热量的吸收。
在生产颗粒料时，冷却器出现异常，导致饲料温度较高，因温差大而使其发霉(饲料厂打包时要求饲料与环境温差不超过3℃，因此可以避免此类情况的发生)。冷却器出现异常还会直接导致饲料水分高(饲料水分检测作为出场检验的必检指标，一般不会发生)。其次，在饲料制粒过程中，提升料斗和管道中积存的物料可形成霉块，脱落后进入城品仓和包装袋，引起整包饲料发霉。这种情况发生的比例很少，不会导致成批饲料发霉。当饲料水分高于14%时，在储存时容易发霉。饲料水分高于14%是生产配合饲料时没经过干燥和冷却，而现在的大型饲料加工厂冷却设备性能很好，使饲料水分控制在12%以内，一般不会直接导致饲料发霉。但是当饲料经过运输或在其它地方储存时经过暴晒使饲料温度升高，当环境温度下降时，导致环境与饲料之间形成一个温差，从而使饲料包装袋边缘形成一层“汽水”(好比冬天在屋子里一样，屋内外的温差会使玻璃上会形成一层水珠)。导致饲料包装袋内边缘水分升高从而导致发霉。