空气中的湿度和水分对于配合饲料的贮存起着重要的作用，配合饲料的水分一般要求在12%以下，如果空气中的湿度过高，导致配合饲料中的水分超过了这个比例，再遇夏季高温，极易霉变。因此，配合饲料在高温期间的贮藏要保持干燥，包装要用双层袋，除外面用纺织袋包装以外，里面还要有一层不透气的塑料袋，这样才能阻止空气中水分的渗入。为了防潮，配合饲料在存放时还应离地面30厘米以上，而且不能靠墙，地面要铺秸秆、稻壳一类的防潮物，上面再铺上一层草席，后堆放配合饲料才比较安全。
当饲料水分高于14%时，在储存时容易发霉。饲料水分高于14%是生产配合饲料时没经过干燥和冷却，而现在的大型饲料加工厂冷却设备性能很好，使饲料水分控制在12%以内，一般不会直接导致饲料发霉。但是当饲料经过运输或在其它地方储存时经过暴晒使饲料温度升高，当环境温度下降时，导致环境与饲料之间形成一个温差，从而使饲料包装袋边缘形成一层“汽水”(好比冬天在屋子里一样，屋内外的温差会使玻璃上会形成一层水珠)。导致饲料包装袋内边缘水分升高从而导致发霉。
在生产颗粒料时，冷却器出现异常，导致饲料温度较高，因温差大而使其发霉(饲料厂打包时要求饲料与环境温差不超过3℃，因此可以避免此类情况的发生)。冷却器出现异常还会直接导致饲料水分高(饲料水分检测作为出场检验的必检指标，一般不会发生)。其次，在饲料制粒过程中，提升料斗和管道中积存的物料可形成霉块，脱落后进入城品仓和包装袋，引起整包饲料发霉。这种情况发生的比例很少，不会导致成批饲料发霉。

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