酸中毒：池内的发酵料液严重偏酸，虽产气，但甲烷含量少，致使所产气体不能使用。处理方法：从池内取1/3～1/2的老料，沼气设备，加入相适应的新料，并投入适量的澄清石灰水，沼气设备供应，搅拌均匀即可。一般以兔粪作为原料的沼气池常出现酸中毒，因兔以青草和菜叶作饲料，兔粪呈酸性。
碱中毒：是池内的发酵料液严重偏碱，不能正常产气。处理办法：从池内取出一部分老料，加入一部分带酸性的料，如青草落叶，沼气设备设计方案，使ph值达到7。碱中毒的原因是有的养猪户为了灭菌，在猪舍内撒入石灰水，使猪粪带碱入池引起的。
经常检查输气管道、开关、接头是否漏气。发现漏气，要立即更换或修复，避免火灾发生。不用气时要关好开关。在厨房等使用沼气的房间如果闻到臭鸡蛋味，沼气设备简介，要打开门窗通气并切断气源和电源，人要及时离去，待室内无味时，再检修漏气部位。
沼气灯、沼气灶和输气管要远离柴草、明火等易燃物。沼气灯与屋顶要保持一定的距离，一般应在50厘米以上。
日常使用沼气，要坚持先点火后开气，避免开气后间隔较长时间再点火而造成意外。教育小孩不要在沼气池附近玩弄明火，不要随意玩弄沼气配套设施。
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