万连步表示，化肥行业作为重要的支农产业，在国民经济中具有重要的作用和地位，关系着国家的粮食安全、食品安全和生态环境安全。据统计，近年来我国粮食生产对化肥的依赖程度达到60~70%，化肥对我国粮食增产的贡献率已超过40%。但我国的化肥产业发展同时也存在不少问题，除了水肥一体化技术与发达国家有不少差距外，我国化肥产业还存在行业产能过剩影响加剧，能源和资源约束导致生产成本不断上升，产业集中度不高，企业农化服务水平低，行业发展模式尚需完善等问题。
为此，万连步建议，大力推广水肥一体化技术，加快推进我国化肥产业转型升级。我国化肥产业总体来说技术较为落后，同质化严重，他建议国家积极引导化肥产业技术创新，提高产业整体科技水平。一是引导化肥生产技术创新，优化肥料产品结构。新型肥料在节约资源消耗、减少环境污染等方面具有明显的优势，目前新型肥料的发展已初具规模，产业技术已趋成熟，建议以技术创新为引领、以结构调整为中心环节、以提高生产效率和经营效益为落脚点，大力发展优质的新型肥料，使目前的过剩产能向新型肥料产业转变，实现传统化肥产业转型升级和可持续发展；二是大力推动化肥产业综合利用技术开发，促进循环经济发展。政府设立专项资金，发展中低品位磷矿、难溶性钾盐等开发难度较高资源的综合利用技术，推进磷、钾矿产资源中伴生资源的回收利用以及肥料生产过程中废气、废渣的综合利用技术应用，以提高资源利用率，减少资源对外依存度，降低废弃资源污染风险。